木棉除了观赏价值高，它的花、皮、根均有药用价值。中医认为木棉花味甘性平，具有解毒清热，驱寒去湿的功效。常用于对慢性胃炎、胃溃疡、泄泻、痢疾（据《本草求原》：红者去赤痢，白者治白痢）等治疗。
另外，木棉皮内服可以消肿活血，缓解腰腿痛、胃痛等症状，外用可治皮肤瘙痒。木棉根具有清热利湿，收敛止血的功效，通常可以用来治疗慢性胃炎，胃溃疡，赤痢，跌打扭伤等。
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